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Les micro-organismes vivent tout autour de nous. Louis Pasteur a dû inventer le procédé de pasteurisation afin que nous puissions conserver les aliments plus longtemps sans risque qu’ils ne se détériorent. Les bactéries, les champignons, les virus et d’autres micro-organismes peuvent être trouvés sur chaque surface de notre planète. On les trouve dans chaque goutte d’océan, dans l’air, dans les glaciers de l’Antarctique, ou dans les conditions les plus extrêmes de la mer Morte et des cheminées hydrothermales profondes.
Certains sont capables de survivre en présence de déchets radioactifs, voire de se nourrir du cœur en fusion du réacteur de Tchernobyl. Il n’est donc pas surprenant de trouver des micro-organismes sur la surface du corps humain, ainsi qu’à l’intérieur. Nous désignons ces micro-organismes et leur environnement par le terme microbiote.Les micro-organismes ont toujours influencé l’évolution de la vie sur Terre, et ils ont un impact tout aussi important sur la santé humaine.
Qu’est-ce que le microbiome ?
Le microbiome est l’ensemble de tous les micro-organismes vivant à la surface (la peau) et à l’intérieur du corps humain.
Ces micro-organismes incluent les bactéries, les virus, les champignons (levures) et les protozoaires. Idéalement, ces micro-organismes sont vos bons amis et vivent en symbiose avec vous et moi. Ils aident à vous protéger des micro-organismes “mauvais”.La bactérie la plus connue, présente dans le microbiome des humains et d’autres animaux à sang chaud, est Escherichia coli. Elle est relativement facile à cultiver en laboratoire et son séquence d’ADN complète est connue. Elle est donc devenue un outil essentiel en biologie moléculaire et contribue de manière significative à la recherche en biologie et en médecine.
Selon le site d’occurrence, on distingue différents microbiomes, tels que le microbiome intestinal, cutané, oral, ainsi que les microbiomes du cerveau et des poumons. Ces deux derniers sont souvent des états d’infection. Le microbiome intestinal (anciennement connu sous le nom de flore intestinale) a fait l’objet d’une attention particulière ces dernières années, car il influence de manière significative le fonctionnement de l’ensemble du corps.
Le microbiome intestinal représente la partie la plus nombreuse et la plus diversifiée du microbiome humain. Il contient environ 1013 (10 et 13 zéros, soit 100 billions) de cellules bactériennes, ce qui est à peu près le même nombre que le nombre de cellules dans le corps humain, et peut atteindre jusqu’à 0,2 kg.
[1]
Qu’est-ce qui influence la composition du microbiome ?
La composition, c’est-à-dire… la quantité de différents types de micro-organismes présents dans le microbiome est influencée par plusieurs facteurs :
- les aliments que vous consommez
- la génétique
- l’environnement dans lequel vous vivez
- l’utilisation d’antibiotiques
- votre mode de vie général (la consommation d’alcool et le tabagisme ont un effet négatif sur la composition du microbiome).
La composition du microbiome humain est également influencée par le mode d’accouchement. Dans le cas d’une naissance par césarienne, le bébé ne traverse pas le canal de naissance naturel et n’est pas exposé au microbiome vaginal de la mère. Le microbiome intestinal des bébés nés par césarienne a donc une composition différente, ce qui augmente le risque de certaines maladies au cours de la vie.
[2]Que fait le microbiome intestinal ?
Les bactéries vivant dans le corps humain sont des organismes vivants qui portent leur propre ADN. Leurs gènes peuvent être considérés comme une extension d’eux-mêmes, car ils accomplissent une variété de fonctions importantes. Les produits du métabolisme microbien dans l’intestin sont bénéfiques pour votre santé.
1. Favorise la digestion et l’absorption des nutriments
Les micro-organismes présents dans l’intestin entrent en contact direct avec ce que vous mangez. Afin de survivre, ces micro-organismes ont besoin de quelque chose à consommer, et ils trouvent cela dans les aliments que vous avez déjà digérés. Ils vous aident ainsi dans la digestion de substances que vous ne pouvez pas digérer vous-même.
Parmi les substances qui ne peuvent pas être digérées, on trouve les fibres (appelées prébiotiques). Il ne s’agit pas d’une seule substance, mais d’un groupe de substances indigestibles dérivées des plantes qui servent de nourriture aux bactéries de votre système digestif.
Ils peuvent être classés selon leur solubilité (solubles et insolubles fibres), leur viscosité (densité) et leur fermentabilité. La fermentabilité nous indique dans quelle mesure ils peuvent être digérés par les micro-organismes du microbiote intestinal.2. Produit des substances bénéfiques.
La digestion microbienne des fibres donne naissance à des substances (appelées postbiotics) qui pénètrent dans le sang et peuvent être utilisées par l’organisme. Parallèlement, des substances sont produites qui sont impliquées dans la communication du système immunitaire.
Le microbiome intestinal produit également jusqu’à 30 % de la dose quotidienne de vitamine K et de vitamines B. [3]3. Influence sur le système immunitaire
Les bons micro-organismes que vous pouvez soutenir grâce à votre alimentation aident à maintenir les mauvais (pathogènes) à distance en bloquant leur accès aux nutriments. Leur influence sur le système immunitaire leur permet également de mieux combattre les infections [4]
Jusqu’à 80 % de toutes les cellules du système immunitaire sont situées dans le tractus digestif. C’est l’un des points d’accès possibles pour les agents pathogènes, qui doivent être protégés et, si nécessaire, détruits. La présence de cellules du système immunitaire dans le côlon suggère que des bactéries bénéfiques interagissent de manière significative avec le système immunitaire. [5]
Le microbiome intestinal est une source de ce qu’on appelle les SCFAs, qui sont les acides gras à chaîne courte. Ces acides gras possèdent leurs propres récepteurs sur les cellules du système immunitaire, ce qui permet au microbiome intestinal de réguler ses fonctions immédiatement. [6]
4. Effets sur la santé mentale
Le microbiome intestinal fait partie de l’axe intestin-cerveau, qui est l’axe de communication entre le tube digestif et le cerveau. Les substances produites par le microbiome intestinal influencent le développement du cerveau chez les jeunes enfants.
Les modifications de la composition du microbiome, et donc des substances qu’il produit, peuvent contribuer au développement de troubles psychiatriques tels que la depression et les troubles anxieux. [7]Il existe également des affirmations sur internet selon lesquelles jusqu’à 90 % de la sérotonine produite se trouve dans l’intestin. Cela est vrai, mais cette sérotonine est impliquée dans la digestion et n’atteint pas le cerveau où elle pourrait influencer l’humeur. [8]
La consommation d’aliments fermentés, qui sont considérés comme des probiotiques au vrai sens du terme, a un effet positif sur les symptômes de l’anxiété sociale chez les personnes qui y sont prédisposées. [9]
Que se passe-t-il si le microbiome est déséquilibré ?
Dysbiose, ou un déséquilibre des micro-organismes dans l’intestin, est causée par une faible diversité d’espèces, mais aussi par des bactéries pathogènes qui provoquent des maladies.
Couramment, ses conséquences sont des troubles digestifs, qui surviennent après avoir consommé des aliments avariés dans lesquels des bactéries pathogènes ont proliféré. Si ces dernières prédominent sur les bactéries bénéfiques, un traitement par antibiotiques est nécessaire.Un déséquilibre et un faible niveau de diversité du microbiote intestinal sont associés à des modifications du système immunitaire. Bien que les substances produites par le microbiome influencent le fonctionnement du système immunitaire, il n’est pas toujours clair de savoir si un système immunitaire défaillant est la cause de la dysbiose ou si la dysbiose a affecté le système immunitaire. [10]
De même, la dysbiose du microbiome est associée à l’obésité, au diabète, aux allergies et même à la dépression. Il n’est pas clairement établi dans ces cas ce qui a été la cause initiale, et la relation entre la dysbiose et la maladie est probablement réciproque : l’une causant l’autre, et vice versa.
Des bactéries provenant du gros intestin peuvent également proliférer dans le petit intestin, provoquant la SIBO (prolifération bactérienne excessive dans le petit intestin). Une personne atteinte de SIBO souffre de troubles digestifs fréquents, de flatulences (ballonnements), de diarrhées et de douleurs abdominales. Elle souffre également d’une absorption réduite de certaines vitamines et de fatigue.
Le SIBO est associé à plusieurs maladies :[11]
- diabète sucré
- hypothyroïdie
- maladie cœliaque
- cirrhose
- pancréatite
Comment favoriser un microbiote sain
Il existe plusieurs options pour soutenir le microbiote intestinal, notamment en modifiant son mode de vie.
1. Adoptez une alimentation équilibrée, riche en fibres.
Le microbiote intestinal nécessite un apport constant de fibres (prébiotiques) non seulement pour produire des substances bénéfiques pour le corps humain, mais aussi pour survivre. Les fibres contribuent à maintenir la diversité des bactéries bénéfiques.
Il est donc conseillé de consommer une grande quantité de fruits et légumes, de légumineuses et certains céréales, comme le flocons d’avoine dans l’alimentation.2. Limiter l’utilisation excessive d’antibiotiques
Une utilisation trop fréquente d’antibiotiques ne tue pas seulement les bactéries pathogènes, mais aussi certaines bactéries bénéfiques, entraînant un changement important dans l’équilibre du microbiome intestinal.
Chaque fois que vous prenez des antibiotiques, il est conseillé de prendre des probiotiques –des bactéries bénéfiques qui peuvent à nouveau coloniser le côlon.3. Prenez des probiotiques
L’utilisation de probiotiques est importante lorsque vous prenez des antibiotiques. Une alternative qui pourrait être ajoutée à l’alimentation sontles produits fermentés, tels que le kéfir ou le kimchi. Ils présentent les mêmes bienfaits pour la santé. [12]
En plus de la prise de probiotiques, il est conseillé de prendre des substances dont le microbiome a besoin, c’est-à-dire des prébiotiques, qui sont le plus souvent des fibres. La combinaison de prébiotiques et de probiotiques est appelée synbiotique.
4. Mode de vie sain
Dormir suffisamment, faire suffisamment d’exercice et mieux gérer le stress favorisent de meilleures habitudes alimentaires et réduisent les cas de surconsommation d’aliments malsains. Les aliments transformés et pauvres en nutriments entraînent un déséquilibre du microbiome intestinal.
Conclusion ?
Dans un intestin sain, réside un esprit sain !Le microbiome intestinal coexiste avec chacun d’entre nous depuis des millions d’années, période durant laquelle sa relation avec le corps humain est devenue une symbiose. Sa santé affecte votre santé, tant physique que mentale.
A un mode de vie sain, comprenant une alimentation variée riche en fibres, la prise de probiotiques et la réduction de la consommation d’aliments transformés industriellement, contribuent à maintenir une quantité suffisante de bactéries intestinales bénéfiques.[1] Flint HJ. L'impact de la nutrition sur le microbiome humain – https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22861801/
[2] Inchingolo F, Inchingolo AD, Palumbo I, Trilli I, Guglielmo M, Mancini A, Palermo A, Inchingolo AM, Dipalma G. L'impact de l'accouchement par césarienne sur la microbiota intestinale : mécanismes, conséquences et perspectives – https://www.mdpi.com/1422-0067/25/2/1055
[3] Nysten J, Van Dijck P. Peut-on moduler notre acquisition de vitamines grâce aux micro-organismes pour améliorer notre santé ? – https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1011361
[4] Frances Spragge et al., La diversité du microbiome protège contre les agents pathogènes en bloquant l'accès aux nutriments – https://www.science.org/doi/10.1126/science.adj3502
[5] Wiertsema SP, van Bergenhenegouwen J, Garssen J, Knippels LMJ. L'interaction entre le microbiome intestinal et le système immunitaire dans le contexte des maladies infectieuses tout au long de la vie, et le rôle de la nutrition dans l'optimisation des stratégies de traitement. – https://www.mdpi.com/2072-6643/13/3/886
[6] Yao, Yao et al. « Le rôle des acides gras à chaîne courte dans l'immunité, l'inflammation et le métabolisme. » – https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33261516/
[7] Xiong RG, Li J, Cheng J, Zhou DD, Wu SX, Huang SY, Saimaiti A, Yang ZJ, Gan RY, Li HB. Le rôle de la flore intestinale dans l'anxiété, la dépression et autres troubles mentaux, ainsi que les effets protecteurs des composants alimentaires – https://www.mdpi.com/2072-6643/15/14/3258] El-Merahbi, Rabih; Löffler, Mona; Mayer, Alexander; Sumara, Grzegorz. (2015). Les rôles de la sérotonine périphérique dans l'homéostasie métabolique [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26070423/
[8] Hilimire, Matthew R et al. “Aliments fermentés, névrosisme et anxiété sociale : un modèle d'interaction.” – https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25998000/
[9] Levy, M., Kolodziejczyk, A., Thaiss, C. et al. Dysbiose et système immunitaire – https://www.nature.com/articles/nri.2017.7
[10] Dukowicz AC, Lacy BE, Levine GM. Prolifération bactérienne excessive dans l'intestin grêle : une revue complète – https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3099351/
[11] Soemarie YB, Milanda T, Barliana MI. Les aliments fermentés en tant que probiotiques : une revue – https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34820306/
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